4 lipca 2002 następnym inwestorem został Szwed polskiego pochodzenia – Les Gondor (vel Leszek Gondorowicz, taksówkarz z Lipian), który obiecał poprawić sytuację klubu. Klub został doprowadzony do ruiny, czego skutkiem był spadek z ekstraklasy w 2003 roku (najwyższa porażka z Górnikiem Zabrze 9:0, 9 kwietnia 2003) kiedy drużyna z 30 ligowych spotkań wygrała tylko 2, a w całym sezonie zdobyła zaledwie 9 punktów. Klub nie dostał drugoligowej licencji i musiałby rozpoczynać rozgrywki od B-klasy, gdyby nie istniejące od 2002 roku Stowarzyszenie Kibiców Pogoni Szczecin – Pogoń Walcząca, które założyło klub Pogoń Szczecin Nowa, zgłoszony w Zachodniopomorskim ZPN do rozgrywek czwartoligowych.

Kolejna pomoc przyszła ze Rzgowa. Antoni Ptak, właściciel sportowej spółki akcyjnej Piotrcovia Piotrków zdecydował się przenieść do Szczecina drużynę z II-ligową licencją i zmienić jej nazwę na MKS Pogoń Szczecin (rejestracja 8 lipca 2003). Udziałowcami MKS Pogoń Szczecin SSA zostali:
• ok. 78%: spółka El-Met z Gdańska (właściciel Antoni Ptak),
• ok. 10%: Mirosław Stasiak, właściciel Stasiaka Opoczno
• ok. 10%: Małgorzata Dąbrowska, córka Tadeusza Dąbrowskiego, do niedawna sponsora RKS Radomsko
• ok. 1%: Morski Klub Sportowy Pogoń Szczecin Stowarzyszenie Kultury Fizycznej
• ok. 1%: Klub Sportowy Pogoń Szczecin Nowa Stowarzyszenie Kultury Fizycznej
Pod koniec sierpnia 2003 akcje Mirosława Stasiaka odkupił Antoni Ptak, zwiększając swój udział, za pośrednictwem spółki El-Met, do ok. 88%.

Pomysł przenosin zespołu nie przypadł do gustu fanom w Piotrkowie, zaś kibice szczecińscy początkowo odnosili się z niepewnością do nowej drużyny. Klub jednak na fali awansował do ekstraklasy w sezonie 2003/2004. Trzon drużyny piotrkowskiej został uzupełniony o nabytki szczecińskie, zaś kibice w Szczecinie coraz mocniej identyfikowali się z nowym klubem.

23 kwietnia 2005 większościowi akcjonariusze SSA, tj. spółka El-Met (90,2% kapitału zakładowego) i Agnieszka Ptak, żona Antoniego Ptaka (5%) dokonali przymusowego wykupienia pozostałych akcji mniejszościowych udziałowców, tj. Małgorzaty Dąbrowskiej (4%) i obu stowarzyszeń kibiców (po 0,4%) w ten sposób, że wykupione udziały stały się własnością Agnieszki Ptak zwiększając jej pakiet do 9,8%.

W sezonie 2004/2005 Pogoń zajęła w ekstraklasie 9. miejsce (na 14 zespołów) i zgłosiła akces do występów w Pucharze Intertoto. W dwumeczu I rundy wyeliminowała mołdawski Tiligul-Tiras Tiraspol:
• 18 czerwca 2005, Tiligul-Tiras Tiraspol – Pogoń Szczecin 0:3
• 25 czerwca 2005, Pogoń Szczecin – Tilgul Tiraspol 6:2.

W II rundzie uległa czeskiej Sigmie Ołomuniec:
• 2 lipca 2005, Sigma Ołomuniec – Pogoń Szczecin 1:0
• 9 lipca 2005, Pogoń Szczecin – SK Sigma Ołomuniec 0:0

Na przełomie sierpnia i września 2005, na skutek m.in. braku zgody władz miasta na przekazanie podłódzkiemu przedsiębiorcy gruntów w mieście, Ptak opuścił Szczecin i zapowiedział zaprzestanie finansowania klubu. 2 października 2005, przed meczem ligowym z GKS-em Bełchatów, ze stadionu zniknęły banery reklamowe Centrum Handlowego Ptak w Rzgowie. Klubowi groził kolejny kryzys – musiałby szukać nowych źródeł finansowania, a przede wszystkim zapobiec wyprzedaży najlepszych zawodników. Pogłoski te okazały się jednak nieprawdziwe i Antoni Ptak nie wycofał się wówczas z finansowania Pogoni.

"Pogoń brazylijska albo żadna"

Zima 2005/2006 okazała się dla klubu okresem przełomowym – w związku z niezadowalającymi wynikami drużyny w rundzie jesiennej Orange Ekstraklasy (zespół plasował się na 9. pozycji) – Antoni Ptak zdecydował się na sprzedaż większości zawodników i zastąpienie ich graczami brazylijskimi. Swą nową koncepcję budowy zespołu określił: "Pogoń będzie brazylijska, albo żadna". Do końca lutego 2006 w klubie zostało zatrudnionych kilkunastu piłkarzy z tego kraju oraz dwaj brazylijscy trenerzy José Carlos Serrão i Edson Roberto da Silva, zaś dotychczasowy trener Bohumil Páník w okresie przygotowawczym pełnił obowiązki trenera-koordynatora pierwszego zespołu. W związku z nieuzyskaniem przez Jose Carlosa Serrão licencji trenerskiej UEFA Pro koniecznej do prowadzenia przez obcokrajowca drużyny I-ligowej w Polsce, od początku rundy wiosennej sezonu 2005/2006 stanowisko pierwszego szkoleniowca objął ponownie Bohumil Páník.

Szczecińska Pogoń stała się jedynym niebrazylijskim klubem na świecie zbudowanym niemal w 100% z zawodników tego kraju sprowadzanych do Polski przez syna właściciela – Dawida Ptaka. Ewenementem w świecie europejskiego futbolu było również "skoszarowanie" drużyny pod Łodzią w oddalonym od Szczecina o ok. 470 km Gutowie Małym w piłkarskim ośrodku szkoleniowym należącym do Antoniego Ptaka, skąd piłkarze musieli dojeżdżać do Szczecina na mecze rozgrywane "u siebie". Paradoksalnie były to ich najodleglejsze wyjazdy na mecze ligowe. Kolejnym znamiennym momentem w historii szczecińskiego i polskiego futbolu był mecz Pogoni przeciwko GKS Bełchatów (2:0), w którym na boisko w Bełchatowie po raz pierwszy i jedyny w historii piłki nożnej w Polsce wybiegła drużyna, w której składzie nie było ani jednego Polaka – 11 kwietnia 2006 szczecińską jedenastkę stanowili słowacki bramkarz Boris Peąkovič i dziesięciu Brazylijczyków.

Po przegranym 15 kwietnia 2006 meczu z Groclinem Grodzisk 1:3, w którym Pogoń straciła trzy bramki w ciągu pierwszych 11 minut gry, Antoni Ptak dokonał kolejnej roszady w klubie w tej rundzie – 18 kwietnia 2006 Mariusz Kuras zastąpił Bohumila Páníka na stanowisku pierwszego szkoleniowca. Od 20 kwietnia klub rozpoczął rozwiązywanie kontraktów z kolejnymi brazylijskimi futbolistami, którzy nie sprawdzili się na boiskach polskiej ekstraklasy (Cleison, Batata II, Fabio, Fabinho, Junior, Wagner). Mecze rundy wiosennej sezonu 2005/2006 Pogoń rozgrywała ze zmiennym szczęściem i po zakończeniu rozgrywek zajęła 11. miejsce (10. po przesunięciu WKP Lech Poznań na ostatnią pozycję).

W wywiadzie udzielonym Przeglądowi Sportowemu z dn. 17 maja 2006 Antoni Ptak ponownie ogłosił wycofanie się ze sponsorowania klubu oraz chęć natychmiastowej sprzedaży wszystkich lub części swoich udziałów w sportowej spółce akcyjnej, do czego również wtedy nie doszło.

Przed rozpoczęciem sezonu 2006/2007, w przerwie letniej, Antoni Ptak dokonał drugiej z kolei wymiany niemal wszystkich brazylijskich zawodników drużyny. Po raz trzeci zrobił to po rundzie jesiennej tego samego sezonu – po zaledwie 15 meczach.

13 marca 2007 rada nadzorcza wyraziła zgodę akcjonariuszom SSA – należącej do Antoniego Ptaka spółce El-Met z Gdańska zajmującej się wynajmem pomieszczeń i handlem posiadającej większościowy pakiet akcji (98%) oraz żonie Antoniego Ptaka, Agnieszce, właścicielce pozostałych 2% – "na zbycie wszystkich posiadanych akcji na rzecz wybranego inwestora zagranicznego".

11 kwietnia 2007 spółka El-Met wystosowała pismo skierowane do prezydenta miasta Szczecina, radnych oraz mieszkańców Szczecina i kibiców klubu informujące o definitywnym wycofaniu się spółki z działalności sportowej oraz z ważną przez 14 dni ofertą zakupu 100% akcji sportowej spółki akcyjnej za kwotę 10 mln zł. W wyznaczonym terminie miasto nie skorzystało z przedstawionej oferty, gdyż w opinii miejskich prawników nie ma możliwości angażowania się samorządów w takie przedsięwzięcia a także ze względu na zamknięcie miejskiego budżetu na 2007 rok.

11 maja 2007, na cztery kolejki przed końcem sezonu 2006/07, zarząd klubu podjął decyzję, że zespół dokończy rozgrywki z zawodnikami z roczników 86-89 z, również walczącej o utrzymanie, IV-ligowej drużyny rezerw. Wśród nich znaleźli się Tomasz Burnejko, Rafał Komar, Przemysław Orłowski, Damian Paliwoda, Robert Rawa, Tomasz Rydzak i Wojciech Wójtowicz, którzy prawdopodobnie zastąpią Brazylijczyków. Wiceprezes Krzysztof Waszak, ogłaszając tę decyzję nazwał ją kompromitującą. Z grona piłkarzy rezerwowych w meczu 29. kolejki przeciwko Groclinowi rozegranym 22 maja 2007, w OE zadebiutowali Przemysław Orłowski oraz bramkarz Tomasz Judkowiak. Mecz ten definitywnie zadecydował o spadku Pogoni z Orange Ekstraklasy. W tym też sezonie drużyna skonstruowana w dużej mierze z "wybranych z najlepszych" przez czeski duet trenerski Pala-Páník zawodników w (największym w Brazylii wg słów właściciela) piłkarskim ośrodku szkoleniowym A. Ptaka w Jacareí pod São Paulo (Centro de Futebol Europeu "Ptak"), zajęła ostatnią – 16. pozycję i ustanowiła kilka niechlubnych "rekordów":

• nie wygrywając żadnego z dwudziestu jeden kolejnych meczów ligowych od 10. do 30. kolejki była drużyną pozostającą najdłużej bez zwycięstwa, w tym też czasie
• pomiędzy 22. a 30. kolejką zanotowała najdłuższą wśród ligowych drużyn serię porażek, ulegając przeciwnikom w dziewięciu kolejnych meczach, oraz
• rozegrała jedno z dwóch spotkań, w których padła rekordowa w tym sezonie liczba bramek (8) przegrywając 12 maja 2007 w ramach 27. kolejki w Lubliniu z Zagłębiem 6:2 (4:1), a także
• wzięła udział w meczu, w którym sędzia pokazał największą ilość kartek w sezonie. Były to zawody 19. kolejki Pogoń – Wisła Płock rozegrane 31 marca 2007. Arbiter Robert Małek ukarał w nim zawodników 11 żółtymi i dwiema czerwonymi kartkami – jedną pokazał za dwie żółte, drugą obejrzał zawodnik rezerwowy Pogoni.

Po zakończeniu sezonu Antoni Ptak rozpoczął wyprzedaż zawodników szczecińskiego klubu. Do ojczyzny powrócili wszyscy zatrudnieni wiosną Brazylijczycy. Z drużyny odeszli także bądź zostali sprzedani Edi Andradina, Lilo, Kamil Grosicki, Radosław Majdan i Piotr Celeban oraz będący "na wypożyczeniu" Rafał Grzelak, Bartosz Fabiniak, Przemysław Kaźmierczak i Łukasz Trałka. Właściciel większościowego pakietu akcji SSA negocjował z kilkoma oferentami sprzedaż klubu. Rozważał także przeniesienie drużyny do innego miasta – jednakże pod inną nazwą, gdyż prawo do nazwy, herbu i tradycji szczecińskiego klubu należą do stowarzyszenia Morski Klub Sportowy Pogoń Szczecin.

Pogoń ponownie szczecińska

28 czerwca 2007 przedstawiciele właściciela większościowego pakietu akcji MKS Pogoń Szczecin SSA – Antoniego Ptaka po długich negocjacjach z udziałem m.in. wiceprezesa PZPN Eugeniusza Kolatora, prezesa Zachodniopomorskiego ZPN Jana Bednarka, przedstawicieli miasta Szczecina i Dariusza Adamczuka oraz Grzegorza Matlaka (obaj Pogoń Nowa Szczecin) doszli do porozumienia w sprawie sprzedaży wydzielonej ze spółki-matki sekcji piłkarskiej z miejscem w II lidze dwóm zachodniopomorskim przedsiębiorcom: Arturowi Kałużnemu (Szczecin, branża gastronomiczna) i Grzegorzowi Smolnemu (Szczecinek, branża drzewna). Przyszli właściciele zapowiedzieli powstanie nowej spółki akcyjnej zbudowanej na bazie Pogoni Nowej Szczecin, co jest spełnieniem wymogu UEFA dotyczącego przejęcia praw do gry w II lidze, by przejmujący klub był zarejestrowany w związku piłkarskim co najmniej trzy lata. Na podstawie zawartego porozumienia, spółka El-Met należąca do Ptaka zachowa akcje spółki MKS Pogoń Szczecin SSA, ale już bez prawa gry w II lidze, ponieważ na jej konto wpływają pieniądze za transfery jej dotychczasowych piłkarzy.