Sekcja koszykówki działająca pod nazwą Pogoń Szczecin powstała w roku 1961. Początkowo oparła działalność na zawodnikach Mieszka, który skupiał młodzież z "Pobożniaka" czyli II LO. Pierwszym trenerem drużyny został Roman Wysocki, który prowadził ją przez dwa lata, nie odnosząc większych sukcesów. Jego następcą został Wacław Pawlik, który może poszczycić się wprowadzeniem Portowców do II ligi. Co prawda w derbowym pojedynku decydującym o awansie, zespół Pogoni przegrał jednym koszem z Ogniwem, jednak ze względów finansowych doszło do fuzji z Pogonią, która zajęła miejsce Ogniwa w II lidze. W drużynie Portowców grali wówczas m.in. M. Ślisz, J, Wieczorek, Cz. Oszustowicz, A. Padula, J. Dętka, J. Michalik, Z. Chmielewski, J. Nowakowski, T. Gawliński, R. Kaszyca.

Po awansie władze Pogoni nie osiadły na laurach i zaczęły konsekwentną budowę zespołu, który mógłby powalczyć z najlepszymi. Pierwszy sezon w II lidze Portowcy zakończyli na 8 pozycji, jednak później konsekwentnie pieli się w górę, by w sezonie 1971/72 awansować do I ligi. Dzięki świetnej grze w klubie, czterech koszykarzy znalazło uznanie w oczach selekcjonerów reprezentacji juniorskiej i młodzieżowej. Byli to odpowiednio W. Krasoń, K Caboń i S. Rosiak, a także Z. Słomiński. Ówczesnym szkoleniowcem Pogoni był Jerzy Nowakowski.

Pierwszy sezon w pierwszej lidze skończyli na 8 miejscu. Wyróżniającymi się zawodnikami Pogoni byli Z. Słomiński i P. Waniorek, który całym sezonie zdobył 824 punkty, co daje średnią 23pkt. na mecz. Obaj dostali powołanie do kadry narodowej seniorów. W następnym sezonie nie było już jednak tak łatwo i Pogoń spadła z powrotem do II ligi. I kto wie, jakby się potoczył dalej jej los, gdyby nie modyfikacja zasad przez PZKOSZ, który postanowił zwiększyć I ligę do 12 zespołów. "Wilki Morskie" przystąpiły więc do baraży, w których wygrali ze Skrą Warszawa 79:71 oraz z ŁKS Łódź 85:72, a także ulegli z Lubliniance Lublin 66:70. Pogoń zajęła drugie miejsce w grupie barażowej i wraz z Lublinianką awansowała do I ligi.

W I lidze Pogoni nie układało się jednak najlepiej. W pierwszym sezonie udało się jeszcze wywalczyć utrzymanie, zajmując 10 miejsce, jednak rok później spadek stał się faktem. Grając w II lidze nasi koszykarze zostali zaproszeni w sezonie 1977/78 na XVII Międzynarodowym Turnieju Koszykówki na Węgrzech, na którym zajęli V miejsce. W lidze nie szło nam jednak tak dobrze, co doprowadziło do kolejnego spadku, tym razem do III ligi.

Aby ratować koszykówkę w Szczecinie do zespołu ściągnięto trenera Andrzeja Grastkę. Pod jego wodzą zespół złożony z takich zawodników jak P. Waniorek, K. Caboń, M. Szewczyk, M. Serafin, K. Kubiak, J. Bazylik, J. Wojdyła, P. Krawczyk, R. Krawczyński, Z. Majcherek natychmiast powrócił do II ligi, by w 1982 roku ponownie zagrać w najwyższej klasie rozgrywkowej. Portowcy odnosili także sukcesy na arenie międzynarodowej, wygrywając m.in. turniej koszykówki rozgrywany w Finlandii.

W sezonie 1984/85 Pogoń osiągnęła największy sukces w swojej historii, a mianowicie zdobyła Puchar Polski. Rozgrywki ligowe nie były jednak równie udane, bowiem Pogoń ukończyła je na 11 miejscu i po barażach spadła do II ligi. Wtedy drużynę zaczął prowadzić znany Jerzy Nowakowski, który już w pierwszym sezonie swojej pracy wywalczył awans.

W sezonie 1986/87 doszło do tragicznego wypadku, w którym zginął jeden z najlepszych rozgrywających w Polsce, Waldemar Krasoń. Bez niego Pogoń nie grała już tak dobrze i ostatecznie zajęła 12 miejsce w lidze, co oznaczało powrót do II ligi. I choć po 5 latach walki o powrót na szczyt, Portowcom udało się osiągnąć cel, to sekcja koszykówki powoli chyliła się ku upadkowi. Świadczą o tym słowa trenera Pogoni, Janusza Wierzbickiego, który mówił: - Nawet w najczarniejszym scenariuszu nie przewidywałem, że sytuacja kadrowa po zakończeniu sezonu będzie tak dramatyczna. W 1995r. sekcja koszykówki w MKS Pogoń rozpadła się.

Opracowano na podstawie książki Floriana Krygiera: 50 Lat Pogoni Szczecin